После рассмотрения механизмов синтеза транспорта и встраивания мембранных белков необходимо рассмотреть и процессы происходящие с липидами мембран.
В мембранах эукариотических клеток обнаружено огромное количество разных липидов, причем они не распределены равномерно по разным клеточным мембранам. Эта неравномерность относится к распределению как полярных головок, так и ацильных хвостов. Например, степень ненасыщенности фосфолипидов в общем случае уменьшается при переходе от эндоплазматического ретикулума к комплексу Гольджи и затем к плазматической мембране. Для животной клетки среднее молярное отношение холестеролфосфолипиды равно 0,3— 0,4, при этом для плазматической мембраны оно гораздо выше (0,8—0,9), чем для других мембран, таких, как шероховатый эндоплазматический ретикулум (около 0,1). Кроме того, для многих мембран характерно неравномерное распределение липидов и по разным половинам бислоя.
Вопрос о механизме создания и поддержания такой асимметрии очень интересен и сложен. Напомним, что многие мембраны эукариотических клеток участвуют в эндоцитозе и экзоцитозе, при которых от одних мембран везикулы отпочковываются, а с другими сливаются. Этот процесс селективен для белков, которые транспортируются с помощью везикул, но почему-то не приводит к идентичности липидного состава вовлекаемых в него мембран. Причина этого явления неизвестна, выяснены лишь некоторые его аспекты. Рассмотрим, где синтезируются мембранные липиды, а затем обсудим, как они могут транспортироваться к месту назначения.