Шумовые помехи имеют различную природу и делятся на электрические и акустические. К электрическим относят собственные шумы усилителя и наводки от воздействия электромагнитных полей различных устройств; к акустическим шумы двигателя, механизмов и гребного винта, а также шумы обтекания судна потоком воды и ударов волн по корпусу. Основной помехой являются акустические шумы, они возрастают при увеличении скорости движения судна, ухудшении погодных условий, понижении рабочей частоты, расширении ультразвукового луча и полосы пропускания приемного тракта.
Для того чтобы шумовые помехи не мешали регистрации полезных эхо-сигналов приходится учитывать и уменьшать влияние этих факторов, соответственно выбирая режимы работы судна и гидроакустической аппаратуры.
В некоторых случаях объекты эхосъемки регистрируются на фоне ЗРС, образуемых молодью рыб, мелкими ракообразными, личинками, икрой, планктоном, воздушными пузырьками, неоднородностями водной среды, включая температурные скачки и т.д. Аналогичная проблема возникает при регистрации смешанных скоплений рыб, содержащих виды, не являющиеся объектами данной эхосъемки. Учесть степень влияния ЗРС на показания интегратора можно путем интегрирования эхосигналов от ЗРС в отсутствие обследуемых объектов.
Затухание звука зависит от рабочей частоты излучения (километрическое затухание) и от степени аэрации приповерхностного слоя воды (избыточное затухание). Для обеспечения обнаружения объектов в широком диапазоне глубин в большинстве случаев используют низкочастотные приборы. При этом эффект избыточного затухания в аэрированном слое может быть значителен и его следует учитывать в процессе эхосъемок.
Существенные особенности имеет регистрация гидроакустическими приборами приповерхностных и придонных объектов.
В определенные периоды года и время суток некоторые пелагические рыбы и другие промысловые объекты держатся вблизи поверхности моря. Приповерхностные промысловые скопления обычно наблюдаются при относительно спокойном море и имеют высокую плотность.
Несмотря на то, что с точки зрения энергетических возможностей гидроакустической аппаратуры условия обнаружения приповерхностных скоплений вполне благоприятны, фактические возможности их регистрации вблизи поверхности моря ограничены.
Наличие этой ограниченности объясняется осадкой судна и его отпугивающим действием на рыбу, а также так называемой мертвой зоной от зондирующих импульсов прибора. В силу этих причин регистрация и количественная оценка рыбных скоплений эхолотом бывают возможны, начиная с глубины 10-15 м, а иногда и больше. Регистрировать такие скопления гидролокатором можно только при очень хорошей погоде, когда поверхностная реверберация невелика. В некоторых случаях для обнаружения приповерхностных скоплений прибегают к помощи буксируемых антенн, работающих снизу вверх. Однако существующие конструкции таких антенн пока еще имеют существенные недостатки (в основном нестабильность хода и сложность спуско-подъемньгх операций в свежую погоду).
Для того чтобы регистрировать придонные объекты, гидроакустическая аппаратура должна удовлетворять более высоким требованиям, чем в случае пелагических скоплений: необходимо обнаружить объекты, во-первых, на заданной глубине и, во-вторых, на фоне эхосигналов от грунта.
Подводные наблюдения показывают, что придонная рыба держится неравномерно по глубине; наиболее плотные концентрации часто бывают у самого дна. В этом случае рыба обнаруживается особенно плохо из-за неровностей грунта: расстояния от антенны до неровностей могут быть меньше, чем до скопления рыбы, и тогда полезные эхосигналы регистрируются под линией дна. Как правило, каменный грунт более неровный; в этом случае следует ожидать особенно сильной маскировки донной рыбы.