Физиологическое назначение пыльцы - образование мужских гамет - спермиев. Они возникают в результате деления генеративной клетки, в пыльцевом гнезде или позже, при попадании пыльцы на рыльце пестика цветка и ее прорастании. Образование мужских гамет в пыльцевом гнезде характерно для сложноцветных, злаковых.
Попадая на рыльце, пыльца прорастает. Вегетативная клетка растет односторонне и вытягивается в пыльцевую трубку. Пыльцевая трубка прорастает через столбик по его каналу или по специальной проводящей ткани и попадает в завязь. Генеративная клетка спускается по пыльцевой трубке и у большинства растений здесь же делится, образуя два спермия.